随着诺曼征服南意大利，雄心勃勃的诺曼国王们开始向东方扩张。

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在一个世纪的时间里，科孚三次成为诺曼入侵拜占庭的首要目标。

第一次诺曼占领从公元1081年到1084年，

直到拜占庭皇帝阿莱克修斯一世·科穆宁（Alexios I Komnenos）寻求威尼斯共和国的援助，才得以结束，以换取对威尼斯商人的广泛商业特许权。

公元1147年，安提阿的乔治（George of Antioch）再次夺取科孚，曼努埃尔一世·科穆宁（Manuel I Komnenos）经过十个月的围攻才在1149年收复该岛。

在公元1185年的第三次入侵中，岛屿再次被西西里王威廉二世（William II of Sicily）占领，但很快被伊萨克二世·安杰洛斯（Isaac II Angelos）夺回。

在拜占庭帝国解体的过程中，岛屿被热那亚海盗（1197–1207）占领，随后被威尼斯驱逐。

公元1214年，科孚归属伊庇鲁斯的希腊统治者（Greek despots of Epirus），并于1259年作为嫁妆赠予西西里国王曼弗雷德（Manfred of Sicily）。

曼弗雷德于1267年去世后，科孚归属于安茹家族（House of Anjou）。

因此，科孚成为由法国的安茹王朝（Frankish Charles of Anjou）建立和统治的阿尔巴尼亚安茹王国的一部分。

在此期间，岛屿遭受了各种冒险者的严重侵扰。

科孚岛是欧洲最早有罗姆人（Romani）定居的地方之一。

约在1360年，建立了一个名为Acinganorum的封地，主要是罗姆人农奴。

从1386年起，科孚被威尼斯共和国控制，1401年获得正式主权，并一直保持直到1797年的法国占领。

科孚岛成为Filiki Etaireia活动传播的中心通过约阿尼斯·卡波迪斯特里亚斯（Ioannis Kapodistrias）和狄奥尼修斯·罗马斯（Dionysios Romas）等贵族，在希腊侨民和欧洲各地的亲希腊社会中传播。